Postdoc Bioinformatics at Neuro-Oncology Research Group

Nu solliciteren
Vakgebied
Onderzoeker
Functie
Post-doc
Branche
Ziekenhuis
Aanstelling
Niet nader bepaald
Plaatsingsdatum
Niveau
Overig
Ervaring
Niet nader bepaald
Dienstverband
Fulltime

Intro

Ben je geïnteresseerd in niet-invasieve testen voor het monitoren van kankertherapie? En wil je helpen de behandeling en levenskwaliteit van patiënten met een glioom te verbeteren? Sluit je aan bij ons team in de Neuro-Oncology Research Group!

Wat ga je doen?

Als postdoc onderzoeker ben je betrokken bij de preprocessing en downstream analyse van RNA-seq-gegevens, gemeten bij 300 patiënten op meerdere tijdstippen. Je taken omvatten onder andere:

  • Data preprocessing, RNA-seq data mapping en kwaliteitscontroles, differentiële expressie en machine learning ontwikkeling, integratie en validatie.
  • Implementatie van bio-informatische normalisatie- en correctiemethodes;
  • Analyse van eerder gegenereerde datasets (RNA-seq data van >2000 samples beschikbaar);
  • Samenwerken met, en het begeleiden van de PhD-student die momenteel aan het project werkt;
  • Publiceren van je bevindingen in toonaangevende wetenschappelijke tijdschriften;
  • Participeren in het aanvragen van vervolgsubsidies.

Wat neem je mee?

We zoeken een enthousiaste gepromoveerde bioinformaticus die analytisch sterk is en ervaring heeft met RNA-seq-analyse. Specifiek beschik je over:

  • Een afgeronde PhD in bioinformatica, bij voorkeur op het gebied van RNA-seq;
  • Ervaring met statistiek en data science;
  • Geavanceerde programmeerskills, bij voorkeur in R en linux/bash;
  • Interesse in niet-invasieve testen voor monitoring van kankertherapie;
  • Goede communicatieve vaardigheden en een sterke drive tot samenwerking;
  • Een goede beheersing van het Engels, zowel mondeling als schriftelijk.

Wat bieden we jou?

  • Een vliegende start van jouw carrière in het onderzoekswerk;
  • Alle ruimte voor jouw drive om de zorg van morgen vorm te geven;
  • Werken aan grootschalig én eigen onderzoek, met gemotiveerde collega’s uit alle hoeken van de wereld;
  • Je treedt in dienst bij Amsterdam UMC Research BV;
  • Een contract voor 28 tot 36 uur voor 12 maanden (verlenging mogelijk tot maximaal 2,5 jaar);
  • Inschaling in salarisschaal Schaal 10: € 3.493 tot € 5.504 bruto per maand op basis van een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring) en een eindejaarsuitkering van 8,3%;
  • Vakantie-uren: 186,4 uur per jaar bij een fulltime dienstverband en een mogelijkheid om uren bij te sparen.
  • Pensioenopbouw bij BeFrank, een modern, begrijpelijk en eerlijk geprijsd pensioen;
  • Bij 7 km of meer (enkele reis) 100% OV-vergoeding en bij eigen vervoer €0,18 per km tot maximaal 40 km enkele reis;
  • Kom je liever lopend of op de fiets? Maak gebruik van onze goede fietsregeling. Je ontvangt een vergoeding à €0,18 per km.

Bekijk deze video met meer informatie over de indiensttreding bij Amsterdam UMC Research BV.

 

Waar ga je werken?

Je zult werken in de Neuro-Oncology Research Group (NRG), onder leiding van prof. David Noske, neurochirurg. De groep is onlangs verhuisd naar het nieuwe Research & Diagnostics Center en bestaat uit meerdere postdocs en promovendi die onderzoek doen naar gliomen. De NRG is ingebed in Cancer Center Amsterdam en Hersentumorcentrum Amsterdam. De groep heeft meerdere samenwerkingsverbanden, met onder andere het Antoni van Leeuwenhoek / Nederlands kanker instituut alsook enkele internationale samenwerkingen, waaronder met Engeland voor de PREDICT-studie.

Amsterdam UMC Research BV ondersteunt wetenschappelijk onderzoek zonder winstoogmerk. Hiermee voorzien we onderzoekers in alles wat ze nodig hebben om te kunnen excelleren. Zo bieden onze principal investigators (PI's) en projectleiders begeleiding op het gebied van projectbeheer, finance en human resources.

 

Wat ga je onderzoeken?

Bij de behandeling van het glioblastoom, de meest voorkomende kwaadaardige primaire hersentumor, worden goed geïnformeerde beslissingen belemmerd door een fenomeen dat bekendstaat als pseudoprogressie. Tijdens en na de behandeling kunnen nieuwe MRI-bevindingen wijzen op progressie en een sombere prognose, of op pseudoprogressie met juist een gunstigere prognose. Het is vaak moeilijk om op basis van beeldvorming ware- van pseudoprogressie te onderscheiden, wat leidt tot vertragingen in de behandeling en gevolgen heeft voor overleving en kwaliteit van leven. 'Liquid biopsies' kunnen een oplossing bieden. In de PREDICT-studie willen we ons op bloedplaatjes gebaseerde RNA-platform verder ontwikkelen tot een zeer nauwkeurige test die klaar is voor een klinische interventiestudie. Daarnaast lopen soortgelijke studies naar radionecrose / pseudoprogressie bij hersenmetastasen en zijn er al meer dan 2000 RNA samples verzameld van verschillende typen tumoren.

 

Tijdens de publicatieperiode worden sollicitaties continu in behandeling genomen. Als de vacature is vervuld, wordt deze voortijdig gesloten.

Als je vragen hebt over deze functie, neem dan gerust contact op met David Noske via d.noske@amsterdamumc.nl.

Voor meer informatie over de sollicitatieprocedure kun je contact opnemen met Kim Hooijmans, Recruitmentadviseur, via k.i.m.hooijmans@amsterdamumc.nl

Een referentiecheck, screening en aanstellingsonderzoek kunnen deel uitmaken van de procedure. Lees hier of dit voor jou van toepassing is. Als je bij ons in dienst treedt, vragen we om een VOG (Verklaring Omtrent Gedrag).

Interne kandidaten krijgen voorrang boven externe kandidaten bij gelijke geschiktheid.

Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.

Werken bij Amsterdam UMC betekent dat je onderdeel bent van iets belangrijks. Jouw rol, jouw persoonlijke bijdrage doet er toe. Want zonder... Lees meer

Is dit uw nieuwe uitdaging?

Nu solliciteren Vacature mailen Vacature printen